Ein Teil der Härtefallmassnahmen sei gemessen am Bedarf zu hoch beziehungsweise unnötig gewesen, hielt die Eidgenössische Finanzkontrolle in einer Evaluation fest. Zudem sei es zu Ungleichbehandlungen zwischen Branchen und zwischen Firmen innerhalb einer Branche gekommen.
Mit der Fokussierung auf den Firmenumsatz bei den Entschädigungen wurden Unternehmen mit hohen Umsatzeinbussen, aber tiefen Fixkosten bevorzugt. Kritisch sah die Finanzkontrolle die Lockerungen des Zugangs für Firmen, die auf Anordnung geschlossen wurden. Dadurch erhielten auch Unternehmen Hilfsgelder, die kaum betroffen waren, etwa wegen anderer Absatzkanäle wie Online-Versand und Take-away.
Die EFK schlägt für künftige Hilfen unter anderem die Möglichkeit von Rückforderungen in Fällen mit zu hoher Unterstützung vor.